「E5系はやぶさ」「N700Aのぞみ」など実在する新幹線が変形するロボット「シンカリオン」に乗る運(yùn)転士となった子どもたちが、大人たちと協(xié)力して敵に立ち向かう姿を描いたテレビアニメ「新幹線変形ロボ　シンカリオン」の劇場(chǎng)版。次世代新幹線開発のための試験車両「ALFA-X」がシンカリオンとして登場(chǎng)し、新たな運(yùn)転士とともに戦う姿を描く。地球を狙う新たな敵ナハネの出現(xiàn)によって、再び戦いに身を投じることになったハヤトたち「チームシンカリオン」だったが、ナハネの襲撃によってハヤトの父ホクトが行方不明になってしまう。不安を隠せないハヤトの前に、時(shí)空を超えて9歳のホクトが現(xiàn)れる。タイムスリップしてきた少年ホクトは、地球を守り、元いた時(shí)間に戻るため、最新技術(shù)を結(jié)集して完成した「シンカリオンALFA-X」の運(yùn)転士になることを決意する。少年ホクト役は聲優(yōu)の釘宮理恵。ナハネ役で俳優(yōu)の伊藤健太郎、ナハネの參謀オハネフ役で吉田鋼太郎がゲスト出演。