2259年初,約翰·謝里丹上尉接替辛克萊擔任空間站的軍事長官。他和指揮人員得知,圣地亞哥總統(tǒng)之死實際上是由副總統(tǒng)克拉克(圣地亞哥死后繼任總統(tǒng))策劃的暗殺。巴比倫五號指揮人員與靈能軍團之間爆發(fā)了沖突。靈能軍團是一個日益專制的組織,負責監(jiān)督和控制人類心靈感應者的生活??臻g站的副指揮官伊萬諾娃指揮官其實是一名潛在的心靈感應者,但她一直非法逃避在靈能軍團的登記。