強納森是一名棄嬰，剛出生就被放置在孤兒院前，幸好一名船長認養(yǎng)了他，並供給他唸寄宿學校。只是聰明但又調(diào)皮的強納森連續(xù)被五個學校退學，養(yǎng)父最後幫他找到一所「聖湯瑪士合唱寄宿學?！?。強納森在機場見一隻狗被主人遺棄，便將牠帶往學校，但因?qū)W校禁止養(yǎng)狗，在室友的建議下將小狗養(yǎng)在他們的秘密基地──一座以拖車蓋成的屋子。沒想到此時來了一名自稱是巴布的人，謂此處是他的產(chǎn)業(yè)。眾人無奈離去，但巴布似乎認得學校教音樂的波克老師，遂答應(yīng)照顧小狗，而且也歡迎眾人到「秘密基地」玩。