接續(xù)前作“哥吉拉X機(jī)械哥吉拉”的故事，一年前與哥吉拉（Godzilla）的決戰(zhàn)，機(jī)龍（機(jī)械哥吉拉Mechagodzilla）受損程度37%，失去了右腕及終極武器-絕對(duì)零度炮。　　維修組員中條義人在八王子基地負(fù)責(zé)修復(fù)機(jī)龍的工作。某日中條在他叔叔信一的別墅家渡假時(shí)，嬰兒島的小美人精靈竟然出現(xiàn)在他們眼前。小美人給他們一個(gè)忠告：人類用哥吉拉骸骨製造出機(jī)龍是個(gè)嚴(yán)重的錯(cuò)誤，如果出動(dòng)機(jī)龍，摩斯拉就會(huì)變成人類的敵人。於是信一設(shè)法說服老友也是身為總理大臣的五十嵐，希望能中止機(jī)龍的計(jì)劃。但就在此時(shí)，太平洋又出現(xiàn)哥吉拉的影蹤…